Budynek obecnej Przychodni przy ul. Koszykowej 78 (przed wojną Koszykowa nr 2) został wzniesiony w latach 1927-28 przez znanego architekta  profesora Romualda Gutta. Do roku 1945 mieściła się w nim Warszawska Szkoła Pielęgniarstwa.

6 lutego 1945 roku Naczelny Dowódca Wojska Polskiego gen. Michał Rola-Żymierski wydaje rozkaz utworzenia sześciu szpitali okręgowych i trzech szpitali garnizonowych. Jeden ze szpitali zajął budynek dawnej Szkoły Pielęgniarek mieszczący się przy ul. Koszykowej 78.

Uroczyste otwarcie wyremontowanego Szpitala Ministerstwa Obrony Narodowej z Polikliniką nastąpiło 10 listopada 1945 roku. Na uroczystość przybył ówczesny Szef Służby Zdrowia gen. bryg. Michał Mohuczy. Komendantem szpitala został Andrzej Kacykowski, a od października 1945 roku ppłk lek. Ludmiła N. Poleżajewa. Szpital służył opieką lekarską w zakresie lecznictwa otwartego i zamkniętego oficerom oraz członkom ich rodzin i nie przyjmował żołnierzy służby zasadniczej. Był dobrze wyposażony pod względem technicznym i laboratoryjnym a także kadrowym. Służyło to również rozwojowi pracy naukowej. Wraz z odbudową Warszawy zaczęło przybywać też mieszkańców i osób chorych. Przed służbą zdrowia stanęły nowe zadania, wymagające zmian w jej strukturze.

W marcu 1947 roku od Szpitala zostaje oddzielona Poliklinika i powstaje samodzielna jednostka-Centralna Przychodnia Lekarska, która znalazła nowe lokum w budynku przy ul. Nowowiejskiej 31. Wiosną 1948 roku stanowisko komendanta Szpitala MON obejmuje ppłk lek. Witold Toruń, później zaś płk dr Wacław Zaremba.

Aby sprostać kolejnym nowym wyzwaniom Szpital przy ul. Koszykowej 78 wymagał rozbudowy. Powołany pod kierownictwem gen. dyw. prof. dr Bolesława Szareckiego Komitet Budowy Szpitala ustalił plan inwestycji i lokalizację przy ul. Szaserów 128. 24 czerwca 1946 roku prof. Szarecki otrzymuje nominację na stanowisko szefa Departamentu Zdrowia. w 1952 roku Szpital przy ul. Koszykowej przekształcony zostaje w Centralny Szpital MON. 1 marca 1956 r. do Szpitala dołączono Centralną Przychodnię Lekarską MON oraz Wojskowe Pogotowie Lekarskie Garnizonu m.st. Warszawy. Komendantem Szpitala MON zostaje płk lek. Stanisław Noworyta.

Otwarcie lecznictwa wojskowego dla chorych spoza tego środowiska wymagało rozbudowy zaplecza diagnostycznego. W 1959 roku oddano do użytku dobudowaną część gmachu wzdłuż ul. Koszykowej, dokąd zostaje przeniesiona Poliklinika. 12 października 1964r. otwarto szpital przy ul. Szaserów, Komendantem został płk lek. Tadeusz Rożniatowski. Zespól szpitalny przy ul. Koszykowej 78 zachowano jako Filię 2 CSK WAM, której komendantem był płk dr med. Jerzy Przygodzki.

W roku 1967 na bazie 2 CSK WAM zostaje powołany Instytut Kształcenia Podyplomowego z 2 Centralnym Szpitalem Klinicznym WAM, Polikliniką i Filią. W latach siedemdziesiątych w obiektach przy ul Koszykowej 78 powstała Centralna Poliklinika, zaś oddziały szpitalne zostały przeniesione do budynków przy ul. Szaserów.

W strukturze Przychodni powstały wówczas rejonowe przychodnie lekarskie dla podopiecznych poszczególnych dzielnic Warszawy, które realizowały podstawowe świadczenia. Jednocześnie rozszerzono profil usług w Przychodni oraz przedłużono godziny przyjęć. Wówczas Poliklinika dysponowała 132 gabinetami. Na dalszy rozwój działalności Polikliniki duży wpływ miała decyzja władz wojskowych z 1972r., która dała uprawnienia do opieki wojskowo-lekarskiej członkom rodzin rencistów wojskowych. W 1977r. przeprowadzony został remont generalny bloku B przy ul Koszykowej i zorganizowane zostają nowe placówki służby zdrowia będące częścią Polikliniki Centrum:

Rejonową Przychodnię Lekarską Nr 1 dla dzielnicy Mokotów, 
Rejonową Przychodnię Lekarską Nr 2 dla dzielnicy Praga, 
Rejonową Przychodnię Lekarską Nr 3 dla dzielnicy Wola, 
Rejonową Przychodnię Lekarską Nr 4 dla dzielnicy Żoliborz.

Następne lata przyniosły kolejne zmiany organizacyjne instytucji. W 1983 r. z Centrum utworzono dwie placówki: Centrum Kształcenia Podyplomowego WAM oraz Centralny Szpital Kliniczny WAM. W styczniu 1999r., w związku z wprowadzeniem reformy służby zdrowia, Centralny Szpital Kliniczny WAM został przekształcony w samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej, później zaś decyzją Ministra Obrony Narodowej z dn. 27 listopada 2002r. uległ przekształceniu w Wojskowy Instytut Medyczny.

Zmiany nazw instytucji nie miały wpływu na zadania, które wykonywała Poliklinika. Każdego roku zwiększała się liczba podopiecznych uzyskujących tutaj świadczenia, rozbudowywało się zaplecze diagnostyczne, przybywało gabinetów specjalistycznych. W dniu 11 grudnia 2002r. zgodnie z decyzją nr 347 Ministra Obrony Narodowej, Poliklinika została wydzielona ze Szpitala i wracając do swej historycznej nazwy rozpoczęła samodzielną działalność jako "CePeLek" - Centralna Wojskowa Przychodnia Lekarska.

Przychodnia przy ul. Koszykowej 78, dzięki wysokiej jakości swoich usług, już dawno wrosła w świadomość warszawiaków jako miejsce szczególne, znane nie tylko środowisku wojskowych i ich rodzin. Dzięki umożliwieniu korzystania z jej usług medycznych wszystkim mieszkańcom Warszawy i okolic jest obecnie znaną i cenioną placówką. Poziom świadczonych usług medycznych i fachowa obsługa pacjentów jest nadal najważniejszą sprawą dla personelu.